Obzvláště cenné části přírody jsou chráněny formou maloplošných chráněných území. Na území CHKO Beskydy je realizována zvláštní ochrana na 44 maloplošných zvláště chráněných územích, z toho :
7 národních přírodních rezervací,
14 přírodních rezervací,
22 přírodních památek,
1 národní pámátka .
Několik dalších se připravují k vyhlášení.
Pro chráněná území je vypracováván tzv. ochranný režim. U jednotlivých území se jen málo odlišuje, uvádíme proto hlavní podmínky, které je nutno dodržovat
v chráněných územích se zpravidla vylučují lidské zásahy
průchod je povolen pouze po značkovaných turistických cestách či naučných chodnících
sběr přírodnin se povoluje pouze pro vědecké účely a na základě písemného povolení ministerstva kultury
odborné i naučné exkurze skupin jsou v některých z nich povoleny pouze v doprovodu pracovníků ochrany přírody.
Správa CHKO Beskydy pečuje též o terénní zařízení ochrany přírody. Jde o značení hranic chráněné krajinné oblasti na dřevěných rozcestnících a dále informační tabule v turistických střediscích. Poměrně mladou formou informací pro návštěvníky jsou naučné stezky.
Naučná stezka Mionší
Nejstarší z naučných stezek v Beskydech. Nachází se v blízkosti Dolní Lomné a v současné době není přístupná.
Značná pozornost ze strany Správy CHKO Beskydy je věnována práci s veřejností. Je realizována přednáškovými a exkurzními akcemi, spoluprací se školami (praxe, vedení odborných prací), poskytováním rozhovorů a pořádáním tiskových konferencí pro média, komunikací s veřejností pomocí propagačních a informačních letáčků, tvorbou systému informačních panelů o CHKO a maloplošných ZCHÚ. Správa CHKO Beskydy vykonává státní správu v ochraně přírody a krajiny, je oprávněna vyhlašovat přírodní rezervace a přírodní památky a zároveň plní odborné činnosti v ochraně přírody. Provádí přírodovědné průzkumy dokumentaci a potřebná šetření, spolupracuje s výzkumnými institucemi, školami.